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采用的暗样设计(blindsampledesign)方法。在这种设计中,只提供给
研究者进行DNA提取和序列初步分析的样品编号,而不提供样品的鉴定名称
。如有可能,同一采样地点的样品要提供多份,以便以后进行重复实验以
验证实验结果。因此,在暗样设计中,进行DNA的提取和序列分析人员并不
知道是何样品,乃至是否是某一样品的重复实验。重复实验所获得的DNA序
列一致性能够确保实验数据的真实性,从而排除了半随机性和DNA片段杂合
造成的序列重建。下面将要详细讨论的是,对标本进行正确的属种鉴定并
和已经发表的序列相比较,并通过标准的系统发生分析以支持古DNA数据的
准确性。而当样本由于明显的特征很容易被鉴定,当暗样设计的方法不能
采用时,所有的提取和扩增过程都应该在和该样本无关的条件下进行,这
样可排除来自现代类似物或相关古代标本的污染(Cooper efa/.,1996)
。
古DNA提取的全过程最好在特定的房间内穿着特定的衣服、用特定的仪
器(Handt efa/.,1994a)进行,这对降低污染非常有效,有些研究者认
为这样做是进行古DNA研究所必须的。但是,由于多数污染来自样品处理之
前,或者如手工处理,不正当储存,样品内部真菌或细菌的生长,以及在D
NA扩增过程中使用以前扩增时被污染的试剂等,因此,一个专门的古DNA实
验室既不可能也不足以保证样本和序列结果的正确性。
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