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化石DNA的提取与甄别Edward M.G01enberg
利用化石材料进行DNA分析时,研究范畴(而不是研究者本身)规定了研
究材料的性质、保存时间和保存方式。上述任一因素都将影响实验的成败
或者DNA保存的可能性。据报道,成功提取DNA的材料包括琥珀包埋物(Cano
ef a/.,1992;DeSalle efa/.,1992;Poinar efa/.,1993)、植
物压膜化石(Golenberg efa/.,1990;Soltis efa/.,1992)、哺乳动
物粪便中的植物材料(Rogers&Bendich,1985)、干燥的蜡叶标本(Rogers&B
endich,1985),以及考古发掘的残留物,如空气干燥的(Helentjaris,19
88)、炭化的(Helentjaris,1988;Horai efa/.,1991;Brown efa/.
,1994)甚至是水浸材料(Lawlor efa/.,1991)。需要指出的是,任何一
种上述材料都曾有很多从单个标本中获得可靠DNA失败的报道(Sidow efa/
.,1991;Bailey ef a/.,1996; H6ss e,a/.,1996 a,b; Po
inar ef a/.,1996; Austin e,a/.,1997; Yang efa/.,19
97b),这提示我们应该用大量的样本进行研究,以增加成功的可能性。尽
管样本的年代与保存下来的DNA片段的大小,以至DNA保存的可能性之间没
有线性关系(陷筋o1989;Habelberg&Clegg,19915 Kelman&Moran,]996)
,但是迅速干燥年轻标本比已水解的、非常老的标本更能产生较稳定的结
果。而且,有关古DNA的研究,目前的大部分工作集中在动物标本上,所以
对保存DNA的特性的了解主要来自于这些材料。然而,在动物组织中,一般
情况下由于动物自身存在的或者身体表面的细菌所产生酶的消化作用,DNA
的降解在动物死亡后迅速发生;而在植物体内,伴随着组织分解(叶片脱落
、种子传播、枝叶断裂),细胞的死亡并不很快发生,其内部细菌的生长也
相对较慢,因此,植物组织内DNA降解的初始速率较慢。总而言之,植物的
埋藏特性决定了其DNA具有较长的保存时间。
在这一章中,我将描述从陈旧的植物材料中提取DNA的一般方法,讨论
在古DNA研究中我们应该特别注意的方面,提出甄别古DNA序列的方法。29
.] 实验设计和提取技术
从化石、亚化石或者蜡叶标本中提取DNA与从现代新鲜材料中提取DNA
的技术基本一致(参见Sytsma,1994),但是进行古DNA研究时,我们需要特
别注意以下3个方面:污染物、抑制物、微量的降解DNA。要防止任何外源
的,无论是古代还是现代DNA的污染,设置防止外源DNA污染的对照实验尤
为重要。任何时候,所有用于提取DNA的工具和材料都应该是一次性的,需
要重复使用的器具必须放在0.5%的次氯酸钠溶液中浸泡几个小时,用蒸
馏水反复冲洗,然后放在短波紫外光下照射30分钟。溶液必须首先分装成
小体积,够5—]o次提取即可,以防止剩余溶液所造成的随机污染。如果条
件允许,应
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