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由于微生物全基因组的序列分析现在已经很常见,这样以全基因组
序列来考虑系统发育关系也是可能的。
根据特异的16S rRNA核苷酸序列设计出的探针可以被直接应用于完
整细胞的检测,探针能够渗透到经过处理的细胞表面内与相应的核糖体
16S rRNA核苷酸序列杂交。当这些探针被荧光或放射性同位素标记时,
与探针发生反应的细胞能够直接分别被荧光或放射自显影观测到。这种
荧光显微技术称为荧光原位杂交技术(VlSn)。16S rRNA探针可以是针对
属,也可以针对种,还可以针对特定的菌株设计。这种方法的前提是基
因可以被激活转录(一些重要地质微生物的代谢率可能非常慢以至于存
在的rRNA不足以被检出),它只适用于已知序列,并且存在着相关但非
靶向的基因干扰鉴定等问题。这些问题的第一个解决方法是催化报道子
放大信号技术;这种技术已被用于环境土壤和金属膜表面的生物鉴定。
另一种技术——染色体绘制技术,可以利用荧光标记的核苷酸探针,用
于直接靶定基因组DNA,而不需要在基因表达的情况下鉴定特异序列。
除了生物探针用于鉴定已知序列,各种不依赖培养的分子生物方法
可以用来检测环境中的(新)物种,并评估微生物的多样性。依靠聚合酶
链式反应技术(PCR)以靶向16S rRNA(16S rDNA)基因为模板,能够在DNA
提取物中扩增到16S rRNA基因。扩增出混合的16S rDNA必须被解析。一
种方法是应用克隆方法。每个克隆的16S rDNA用PCR再次扩增并确定rRN
A核苷酸序列。这有时会涉及建克隆文库。
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