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过去20年里现有肠道菌的种的数据库和生化反应的规模不断扩大,
由于肠道菌的属和种的数量不断激增,因此已经建立复杂的计算机程序
来帮助确认不常见或生化反应异常的菌种。
作为分类学的一个工具,表型特性有很多局限。这些局限包括只能
鉴定一个种的一小部分基因组DNA和由于培养条件(温度、PH值或营养条
件)改变所致的表达的潜在可变性。虽然利用数字分类学方法作为主要
工具来确定一个新的分类群已经不再流行,表型特征在细菌分类学中仍
起着非常重要的作用。首先,潜在的新分类群可能存在时,表型的差别
通常是第一个信号,关于新分类群可能存在的一个很好的经验法则是,
所发现的一个新组群中始终有3个或更多的生化反应与已有的种不同。
其次,正如细菌系统分类学方法特别调解委员会推荐的口“,一个新分
类单元的命名应考虑其生化特征,新的类群应与表型相似的种有明显区
别。不幸的是,由于多数临床实验室应用自动或半自动系统来确定革兰
阴性菌,上述建议常常并不被遵循,因此使这些新种的实际鉴定和重要
性仍属未知。
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