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差速离心有两个问题:低回收率和沉淀中小颗粒的污染。例如在第
一步中,在样品顶端的核至少是最先暴露在低转速下,要运动最长的路
径,因此它们不会在离心过程中成为稳定沉淀的组分。另外,小颗粒(
如线粒体),一开始紧靠着管子的底部,运动的路径最短,暴露在最高
的转速下,会成为沉淀组分。由于较长的沉降路径以及导致的g。i。与
g。。。之间最大差距,使得吊桶式转子中这些问题最为严重。而体积
相同的固定角转子沉降路径更短,推荐用于差速离心。
小颗粒物质对于沉淀的污染可以通过“洗涤”过程来减少。这包括
将沉淀重悬于匀浆介质中再离心,合并两种上清用于下一轮离心。有时
候要重复洗涤。而洗涤过程又有它自身伴随的问题:除非进行沉淀重悬
时非常轻柔(在宽松配置的Dounce匀浆器中更佳,使用研杵少许研磨),
否则沉淀中的细胞器本身会破碎。这也是相当费时的。
尽管如此,在不少的情况下差速离心是唯一的纯化方法,从大鼠肝
脏或牛心脏中制备所谓的“重线粒体组分”就是其中之一(见实验方案4
.7)。在这个例子中,在“对线粒体友好的介质”提供的等渗条件下,
能够快速地进行差速离心以产生一定纯度线粒体组分的,对于保留偶联
的氧化磷酸化来说至关重要。使用密度梯度溶液可以增加纯度,但是时
间的增加,以及由于密度梯度溶液离心时增加的流体静压和高离心力对
细胞器的应力,都会严重损伤线粒体的功能完整性。
仅仅从差速离心根据颗粒大小来分离这个角度来说,它也十分重要
。比如说过氧化物酶体或溶酶体的浮力密度梯度溶液纯化就一直用于轻
线粒体组分分离(见实验方案4.8)排除可能具有相似密度的较小颗粒。
也因为同样的原因,完整的高尔基膜复合体可以相似地以50009离心力
从肝脏匀浆液中纯化出来。另一方面,匀浆液中大的快速沉降颗粒除非
预先除去,不然可能干扰用于分离小的低密度颗粒的浅层梯度溶液。
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