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在对细菌、酵母、霉菌进行分类时,有多种方法检测其相关性。对
酵母和霉菌来说,形态、繁殖、群体生化性质和代谢类型用来作为分类
标准。在细菌形态学中,革兰染色特性、蛋白质组成、特殊蛋白质的氨
基酸序列、碱基组成(G+C的摩尔分数%)、核酸杂交(DNA和RNA)、核苷
酸碱基序列、计算机数值分类等也有采用。卜3蛋白质组成、氨基酸序
列、碱基组成、DNA和RNA杂交,以及核苷酸碱基序列都直接或间接地与
微生物的基因组成有关,因此能在基因水平上比较两个微生物。若两种
菌的(C+C)含量差异超过10%时,它们很有可能是没有关系的。类似的
情况是,如果两个菌株同源率超过90%就可认为它们是相同的。在核苷
酸碱基序列方面,一般比较菌株的16S rRNA序列。16srRNA约含有1500
个核苷酸碱基序列,而且它也是最稳定的,所以相关菌株具有高度的同
源性。在数值分类法中,对形态、生理、生化等性状进行比较,每个性
状赋予相同的权重,两个同种的菌株应达到90%以上的相似度。
目前病毒间的进化关系还是未知的,其分类系统是建立在它们致病
性(比如肝炎病毒引起肝细胞炎症)、核酸成分(RNA或DNA,单链或双链)
和形态结构的不同上。在食品中,有两种病毒很重要:细菌发酵剂培养
物和一些食源性致病菌的细菌病毒(噬菌体),以及与食源性疾病有关的
人体肠道致病病毒。
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