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酵母菌的生殖方式有无性生殖与有性生殖二种,无性生殖包括出芽生殖与分裂生殖。
而有性生殖则有三种情形:一种是形成子囊孢子,这种酵母菌被归为子囊菌。另一种是形成担孢子,类似菇类的担孢子,这类酵母菌被归入担子菌。而最后一种酵母菌,因为它们的有性生殖至今尚不了解,所以被归入不完全菌。如此可知,酵母菌的分类是依据其有性生殖的方式来分类。
但是平常我们观察酵母菌并不容易见到它们的有性生殖,而且它们的外观也相当简单,所以我们并无法只依酵母菌的外观特征就将酵母菌鑑定出来,必须再运用另外一种生理鑑定的方法─以酵母菌对营养需求的不同来分类。目前对酵母菌的分类主要依据下列几项项目,包括:菌类外观与产生的色素、形成子囊孢子或担孢子、细胞的大小、发酵能力、淀粉产生的能力等。
在自然界中酵母菌的分佈非常广泛,从天寒地冻的极区经温带到热带的沙漠都可以发现它们的踪迹。因为酵母菌不具叶绿素不能自己行光合作用,所以必须利用分解有机质产生的能量来生活。
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