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近来有些研究自营性氨氧化菌的分布及其歧异度时,是在PCR增幅出自营性氨氧化菌的16SrDNA之后,再利用具专一性探针或者DGGE的方法去探讨,其目的便是要省去选殖及定序所需花费的时间,不过由于其资料库尚未齐全,通常还是需要演化树图来加以佐证,确立相对的演化位置及在环境中所扮演的角色。
在本篇研究中便是採用DGGE的方法来探讨,而由其结果来看,在DGGE变性电泳胶上面,将不同位置所产生的DNA条带从电泳胶上切下,并将DNA从胶体中纯化出来再去进行定序及序列比对,结果发现在电泳胶上所产生出不同的DNA条带,其序列亦不相同及表示不同的条带便代表不同的菌种。但是利用这种方式来探讨菌种的歧异度时,菌种亲缘演化关系较相近的菌种是不容易用此方法观察出来的。
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