生物在演化过程中历经了多少次的事件我们无法得知,因此所有的演化学说都只能当参考。我们是藉由外群的比较来判断哪些是属于较原始的特征,再进一步与整个内群比较,得到一个有根的树状图,再得知各形质在分类单元中的变化过程。我们由这些学派的逻辑中可以了解返祖是可能发生的,因此我们尽量使用合适的形质或基因,避免过多演化饱和的特征影响分类的结果。
当提出异型性染色体例如XY、ZW等可能源自于体染色体的假说,这个假说在脊椎动物中一般都是通用的。虽然绝大部份的脊椎动物都可观察到异型性染色体的存在,不过也有某些种类并未发现这类型的染色体。这产生了两种不同的解释方式,一个是这些种类在演化过程中从未产生出异型性染色体,另一种说法则是认为异型性染色体在演化中有第二次消失的可能。由于研究异型性染色体消失过程相当困难,尤其是在较高等的脊椎动物,因此极少有这方面的文章报导。鱼类缺乏稳定的性染色体系统是做为这方面研究很好的对象。