任何一种光学仪器里最有价值的部分是在它的透镜、反射镜和稜镜,这些镜片都是选用最高品质的光学玻璃,再依使用目的不同,经过精确的成形和磨光製造而成的。玻璃是一种坚硬的原料,但是有些散布伴空气中、肉眼无法看到的灰尘微粒可能比玻璃还硬,如果在清理镜片时,稍不留神,使得这些灰尘微粒擦过镜片表面,就容易在上面形成刮痕。往往一个小小的刮痕就会使光线无法通过,而减低观察的效果,刮痕多的话甚至会使镜片毁坏而无法使用。因此每次使用时都要避免去摩擦镜片,同时避免让手指头接触到镜片,因为皮肤上的汁水及指纹会对镜片造成破坏。
假如显微镜本身没有使用电池的照明设备,使用前就要先调整反射镜,使按目镜能获得最充足的光线,有一点要注意的是,绝对不要将反射镜直接对着太阳。接着把标本放在镜台上,使标本的位置对准光圈中央,再以镜台压条固定住。假如接物镜是装在旋转盘上,可将最低倍率的一个转到标本上方,先调整粗调节器来对准焦距,再以微调节器来做最佳的调焦。
有的显微镜有不同的调焦方式,即主镜筒和透镜固定,而上下调整镜台来对焦。不管用的是那一种,要切记一项规则,那就是先把接物镜放到最低位置,再转动调节器,使镜筒慢慢上升,直到影像清晰为止;也就是说,调整焦距时,千万不要把接物镜朝着标本方向调整,而要朝相反方向来移动,以免一不小心,二者碰在一起,使标本片容易破裂,或使接物镜产生龟裂。